皇帝有了神兵卫和洪承畴他们的直接支持，腰杆比任何时候都硬，首先找来户部尚书李待问，仔细询问国库开支情况，知道最近一年发放了数年的积欠，包括九边军饷和全国官员的俸禄，算是有一两百万剩余银子，心里有了底，接着又找来工部官员，仔细询问各地矿产收入情况，明白了这两年光盐矿铁矿金银矿几项收入就轻松超过千万两，收罗安置各地难民近百万，而这百万流民打工挣钱又推动了地方经济发展，两全其美，就是说神兵卫的以工代赈绝对是一副灵丹妙药，比之大明无偿劳役徭役科学太多，若今后大明都按此办理，天下哪还有流贼容身之地？又找来天津杨廷麟仔细询问这两年天津周边的变化，商税海贸土地国有，百姓安居乐业，学校医院工厂高楼大厦遍地开花，普通人收入是大明其他地方十倍不止，没有匠户军户农户之分，大家精神面貌和以前天上地下，虽然还做不到夜不闭户路不拾遗，可他这个知府感觉现在基本不用自己太劳累，一切都那么井井有条，几乎没人犯法，更别说什么杀官造反这些大逆不道的事，就是合府上下官员，也很少出现贪污受贿迹象，整个天津连叫花子都很难看到，即使有几个也都是因为精神疾患而。
几路官员的底细一一汇报清楚，崇祯皇帝立马召见内阁几个大员，不厌其烦将自己所知详情娓娓道来，沿海各省必须开海禁，允许民间有条件者自行下海捕鱼谋生，或者开展海贸，朝廷应在各省设置市舶司，以十取一收取市舶税，官员以皇庄学习之正直清廉干吏为主，新进进士举人为辅，至于商税则先在河北河南陕西山西山东等北方推而广之，矣时机成熟迅即在江南铺开，下圣旨让马士英去接任凤阳总督，让南京兵部尚书史可法做好推行商税的准备工作，让刘孔昭加快海船建造进度，相机监视南京京营一举一动，让英国公张之极张世泽父子带领一帮勋贵整顿京营，务必裁撤掉至少一半的员额，老弱病残空额一律清退，并取消河北等地军户制度，军事改革由五军都督府牵头，税收制度以及土地改革则有内阁负责，责任到人，务必在年内开始陆续推行。
百官闹腾了好几天，见皇帝根本不搭理，直接躲进了戒备森严的皇庄，递进去的引经据典，数典忘祖的奏折尤如泥牛入海，坏消息一个接着一个传出来，自己做的都是无用功，于是开始将矛头指向内阁和六部堂官，各种弹劾奏章雪片般飞来，把几个内阁大学士三岁偷菜，五岁偷看隔壁女人洗澡的事扒了个一干二净，御史台，六部，九卿，国子监，翰林院等等官员纷纷上书要求罢免内阁首辅次辅，重组内阁，当年刘宇亮因为经受不住官员压力辞职不干，熬了好多年的薛国观以为是个天大的机会，上位成功，准备出人头地大展宏图，哪知道自己就是个夹在中间受气的命，一有风吹草动，皇帝怪罪，百官攻讦，他本来就是个六神无主的人，既没有张居正的魄力，没有徐光启的博学，没有孙承宗的骨气，又没有张四知的关系网，杨嗣昌的方略，周延儒的狡猾，就是个皇帝叫干啥就干啥的牵线木偶，首辅位置才做了一年多，被百官弹劾倒有几十次了，这次更是万劫不复，弹劾他的奏章据说快有一人高了，虽然皇帝没有表示，可他自己知道在这个位置上要到头了，皇帝一个个惊天动地的政策出来，哪一条都必然把自己轰得尸骨不存，还是赶紧学傅冠，程国祥他们那样辞职归隐吧，不然自己怎么死的都不知道啊。
内阁薛国观周延儒谢升的辞职信，崇祯只是扫了一眼，这种把戏大明朝司空见怪，年年都会上演，接着就是皇帝挽留，内阁再次请辞，再次挽留，如此再三，明着做戏给天下百姓和官员看，以前这一套看着挺有意思，现在看起来觉得就是浪费时间精力，当下也不多说，在薛国观的请辞奏折上批了同意，并下旨给一万两安家费，赠太子少保衔致仕，所以批准薛国观离任，是因为知道此人没有那个担当，挑不起这副革新的担子，整个内阁除了洪承畴爹妈不认，敢于横刀立马对群臣外，没人会不顾一切不折不扣完成自己的计划，杨嗣昌有谋略，可惜年纪大了，卢象升有胆略，可和孙传庭一样一根筋，周延儒年富力强又有东林背景，可太圆滑，而神兵卫首领最合适，可惜他们不愿意，所以他一直属意洪承畴做首辅，只是自己三番四次和下面暗示，下面百官却当没那回事，推荐张三李四都可以，就是不提洪剃头，原因很简单，洪剃头骄横跋扈，在西北和孙传庭杀富济贫清田充军饷，得罪了太多与朝廷千丝万缕的地主富豪利益，杀流寇杀军阀地主武装杀得人头滚滚，谁都怕他一朝上台，自己人头落地，所以选谁都不会同意选这个剃头匠。
崇祯也是很无奈，清楚知道百官对洪孙卢等人的忌惮，思量再三又咨询了神兵卫和六部九卿的意见，最后不得已任命周延儒顺延首辅之位，将洪承畴推上次辅位置，想补礼部左侍郎陈演为阁臣，却被王承恩提醒，这个陈演据神兵卫所说与朱纯臣一样，对大明不忠，且好贪污勾结内臣，上次本因和谢升一起入阁，正是因为高师成说起这段往事，才没有入阁，崇祯猛然想起，终于作罢，此时皇帝还没心思处理满朝那么多历史上劣迹斑斑的官吏，他的心思全在如何革新上，这陈演才在鬼门关上走了个来回。
五军都督府由洪承畴张之极牵头，开始对京营整顿，至少裁撤一半员额，一下子触动了勋贵最大利益，大量混吃等死的关系户找各种门路告状，每天五军都督府衙门口都被勋贵们堵得水泄不通，撒泼打诨，跪地求饶，送礼求情的到处都是，不得已调来神兵卫城管队维持秩序，加上骆养性锦衣卫，王承恩东厂番子，才不至于无法进行，光重新造册就用了半个月时间，清出虚报空额近十万，这还是英国公自己统属，地方上肯定更是触目惊心，老弱病残无法点卯着甲提枪上马的，少说也有五六万，光这两项就接近京营员额的一半，剩下的绝对也好不到哪去，崇祯皇帝看着报上来的情况，面色通红，气血上涌，朝廷每年百万两银子养的以为最精锐的三十万京营就是这副空架子，要不是自己执意革新，哪天真把自己卖了都不知道啊，越想越后怕，找来英国公成国公襄城伯新乐侯阳武侯等几十个勋贵重臣一顿臭骂，足足发泄了一个时辰的怨气才算平息，一句话，我朱家待尔等不薄，如今京营糜烂成这个样子，不愿改也得改，朕只要留下几万能战之师，将由神兵卫教官训练，余者一律开革，若再有人敢带头闹事，有一个算一个，到时可别怪朕不给情面！都滚吧！
内阁那也好不到哪去，周延儒升任内阁首辅屁股还没坐热，就投入到开海禁收商税的章程制定上，六部九卿的支持派中间派被抽调一空，又从神兵卫要来张煌言瞿式鋁方以智等一大帮学习过新式理论的官员，十几天足不出户，讨论来讨论去，初步制定下了开海方略，并在北方各省实行商税，停缴自崇祯以来加派的各种农税，这些政策的出之台，大大震撼了在京的百官，来内阁闹事的官员天天都有被东厂锦衣卫拖走的，可怎么也无法平息利益相关的百官反对，明里暗里在联络各地，皇帝和内阁清楚知道，这里面暗伏着危机，尤其南面的东林老巢南京，一不小心就会祸起萧墙，不过在神兵卫的皇帝和半个朝廷重臣并没有退缩，伸头缩头早晚都是一刀，不下猛药，大明何时中兴？就看哪个刺头先冒出来承受天子之怒了。
有关减轻农民赋税的政策大部分地方官员还是支持的，每年因为交不起赋税的失地农民变成流民的比比皆是，富农变为贫雇农，地主的佃户，都是因为朝廷连年增加赋税，层层摊派到最底层的结果，最后就是活不下去揭竿而起，因此内阁第一步就是将赋税恢复到天启年间水平的政策传抄各地，作为继续免税的陕西等地现在已经初步稳定，由于西北赈灾及时，加上宋应星极力推广耐寒耐旱作物的推广，张献忠李自成没有像原来历史上那样形成百万之众，朝廷采纳了温水煮青蛙策略，不急于和义军正面交锋，而是从最底层温饱生产做起，两任钦差史可法和左懋第在神兵卫孙传庭等的大力支持下，一方面着力救济灾民，一方面组织生产自救，另一方面打击豪强和贪污受贿，使得西北局势迅速安定，流寇失去了滋养的土壤，又被周围官军屡次击破，如今被困在商洛地区，人数比原来历史上少了太多，两家加起来都不足十万了，而朝廷对石柱白杆兵的重视，支持力度超过任何一个军阀，秦良玉封侯，现在手下统管着七八万白杆兵，比原先历史上多出两三倍，武器装备也得到了质的提升，军饷粮草异常充足，并间接控制着周围贺人龙陈永福尤世威王廷臣猛如虎等总兵手下十余万官军，南面的左良玉表面上也该听从秦良玉调遣，奈何此人从来就是桀骜不驯，自打李自成张献忠从荆门撤退以后，他就小动作不断，仗着控制着荆州荆门等湖北几乎半个省的便利，收刮民脂民膏，大肆招兵买马，收拢义军败军，由原来已经超编的七八万人马，迅速扩大到近三十万，历史上李自成灭明时，左良玉这个军阀成了当时全国最大的势力，拥兵高达八十万，但就是坐视大明倾覆而不救，而现在由于穿越者的到来，他虽然和历史上一样拥兵自重，但和神兵卫全力支持的秦良玉实力上还差一大截呢。