事情的发展已经大大超出洪秀全的预料，他原本只想杀杨秀清兄弟四人。可韦昌辉却说，不仅要杀尽天京城内外的东殿党羽，还要诛杀前线的东殿大将，如杨辅清等。

要杀前线大将，岂不是自毁长城洪秀全不答应，韦昌辉却目露凶光，赖在天王府不走。

洪秀全十分不快，他隐隐感觉到：韦昌辉就是另一个杨秀清，他才能不如杨秀清，凶狠恶毒却远远过之。

最后，陈承瑢出来和稀泥，劝说洪秀全诛杀天京卫戍部队中的东殿党羽，前线东殿大将暂不波及。陈承瑢足智多谋，献了一条毒计：

洪秀全公开颁布诏书，就说韦昌辉、秦日纲矫诏诛杨，滥杀无辜。天王下令对这两个乱臣贼子鞭刑五百，请东殿党羽前来观刑。

太平天国刑罚残酷，犯人绝对撑不过五百鞭刑。

洪秀全勉强同意，转身就下令亲信蒙得恩加强天王府防务，从此紧闭天王府。他自己躲在幕后，让韦昌辉等人在前面上蹿下跳。

在太平天国，承宣天王诏旨程序极为繁琐，需用女官宣诏、诏书专用黄绸、印玺、文书专用格式等，极难伪造。陈承瑢一向负责承宣天王诏旨，对其非常熟悉，东王党羽对此并无怀疑。

刑场就设在天王府旁一处大院落内，六千多名东殿将士前来观刑。他们不名就里，在门外被守卫解除了武器。韦昌辉、秦日纲两人被铁链捆住，被绑在行刑台上。

然而，等东殿将士来得差不多了，一队荷枪实弹的亲兵拥上行刑台，护卫韦昌辉、秦日纲从后门离开。

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紧接着，各门紧闭，从墙外扔进无数炸弹。东殿将士完全想不到，堂堂天王竟会做出如此卑劣的行径。他们猝不及防，手无寸铁，只能扒房墙砖头抵抗。

这是一场惨绝人寰的屠杀。屠杀者使用枪、炮猛轰东殿将士，后来，他们干脆右臂，冲入了房内，把剩下的抵抗者统统杀死。

屠杀足足持续了六个小时。

紧接着，韦昌辉要求斩草除根，派北殿部队搜杀老弱妇孺。秦日纲向来没有主见，跟随韦昌辉，放纵燕殿部队大开杀戒。

史载，死于天京事变的东殿党羽，共有两万多人。

天京事变已经发生多日，韦昌辉仍在大肆捕杀杨秀清余党。天京城内血流成河，尸体堵塞了秦淮河，韦昌辉仍无收手的迹象。

军民人人自危。天京城方圆一百多里，以天京之大，只有五个宅邸还算安全：天王府、北王府、燕王府、王府、佐天侯府。

韦昌辉控制天京城门，只进不出，严密封锁天京事变的消息，在城内大肆诛戮。

杨秀清活着时，韦昌辉备受屈辱，心理早已扭曲。杨秀清一死，韦昌辉内心的恶魔也被释放出来。为了报仇，为了立威，他大开杀戒，恨不得杀掉每一个可能与杨秀清有关联的人。

蒙得恩、洪仁达等近臣向洪秀全哭诉，要洪秀全下旨制止韦昌辉。洪秀全拗不过他们，下了几道诏令。

秦日纲一向尊奉洪秀全，接到诏令后收敛了许多。可韦昌辉已经丧失了理智，又得不到军师之职，颇为恼怒。

太平天师权力最大。杨秀清为军师，他死了，军师理应由韦昌辉接任。洪秀全却认定要“主由我做，军师亦由我做”，坚决不肯封韦昌辉为军师。