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而可汗也在机缘巧合下知晓，装载自己七十二个族人的光子鱼雷就在企业号星舰上，在大展神威消灭了克林贡人的巡逻队后，可汗干脆利落的向柯克投降了。在可汗眼中，他的族人最重要，既然他们没死落到了企业号星舰上，那他就要尽最大努力拯救他们。
在可汗的提示下，柯克一点点发现了阴谋的存在。当然，柯克发现的这个阴谋只是可汗想让他看到的样子，可汗在其中完全是受害者的形象。于是，柯克就在可汗的引导下，一步步的从一个阴谋走向了另一个阴谋。
柯克联系上了因为与他的意见相左而退出星舰的轮机长斯科特，让身在地球的斯科特前往一个位于太阳系的坐标（23.17.46.11）查看，这个坐标是可汗给柯克的，那里有着可以证明可汗所说一切的证据。同时，企业号星舰上的柯克等人，也在可汗的指引下发现了藏在光子鱼雷内的七十二个基因改造人。
轮机长斯科特虽然当时和柯克吵翻了，直接从企业号上辞职，但他们仍然是战友。虽然斯科特因此气得去酒吧买醉，但在接到柯克的消息后，斯科特还是立即行动了起来。
驾驶着一艘小型飞船，斯科特按照坐标来到了木星左近。木星是一个巨大的液态氢星体，它的质量为太阳的千分之一，体积则是地球的1316倍，为太阳系中其它七大行星质量总和的2.5倍。这样的液态氢星体自然是无法进行星际建设的，但木星有着数十颗的天然卫星，其中便有固态星体。按照坐标，斯科特最终来到了一颗木星的固态卫星附近。在这里，斯科特见到了一个无比巨大的封闭式太空港。
斯科特悄悄驾驶着飞船潜伏到了太空港上空，趁着一支飞船组成的分队进入太空港时。混入其中进入了太空港。太空港内的景象令斯科特大吃一惊，因为那艘停泊在船位上的星舰是如此庞大，仅仅是目测，就约有一千米长。比星际舰队现役的最大星舰企业号还要大一倍不止。吨位这么大的星舰，斯科特不仅没见过连听都没听到过。
“老天……”斯科特正要用吐槽来表达自己的惊讶，就感到飞船后面传来一阵强烈的蓝白光芒。本就做贼心虚的斯科特驾驶着飞船猛地转弯，躲避着预想中的攻击。然而，调转了方向的斯科特没有看到攻击。只看到一个直径数千米的蓝白光环出现在太空港门口，无数的人形机器人和飞船从光环之中的孔洞中蜂拥而出。
相对来说，星际联邦的科技还是十分发达的。比如，星际舰队中统一使用的通话器，即便柯克舰长在离地球数万光年之外的克林贡帝国，仍然可以和自己的轮机长斯科特进行实时通话，而不会发生延迟；在与外星物种对话时，有着万能翻译器可以翻译所有语言，不会出现语言无法沟通的困难；星舰上有着可以在在短时间里就能完成对一颗星球的扫描探测，准确发现生命迹象的生命探测器。虽然这种生命探测器有着这样那样的缺陷，但不失为一种强大的侦查仪器；可以称得上娱乐休闲第一神器全息甲板，只要你能想到的，没有全息甲板模拟不出来的；囚禁犯人的监管室所用的力场发生器，足以起到屏障作用；除了活体生命无法复制外，其他如日用品、工具和食物，皆可复制的通用复制机。
更有星舰的反物质反应堆为太空航行提供充足的能源；星舰上的航行偏导仪和远程传感器，两者结合可以将航线上的太空漂浮物清除，避免对飞船造成撞击伤害；星舰表面的能量护盾，可以减免攻击造成的伤害；星舰普遍装备的相位武器——“相位能量整流器”。即是光炮，威力可观；星舰在低于光速航行时使用的脉冲引擎，可以让星舰以接近四分之一光速的速度飞行；星舰上都有的传送机，可以将人或装备以原子的形式。从一个地方传送到另一个地方有些甚至可以进行星际传送，这种传送还可以在曲速飞行的星舰上使用；最重要的当然是星舰所使用的曲速航行技术，这是一种通过在压缩时空中航行的技术，其原理就是在运动物体周围利用反物质驱动的曲速引擎制造一个人工的曲力场（warpfield），从而使物体能在这个扭曲的时空泡（warpbubble）中以若干倍于光速的速度移动。
联邦的曲速技术非常先进，已经可以应用在体积较小的光子鱼雷上。光子鱼雷可以搭载常规战术弹头、反物质弹头，亦可改装成探测器、微型载人飞船，并可作曲速飞行。不过，相比《星球大战》里面的超空间引擎有些差距。汉·索罗的老破船千年隼号，配备了自称是全银河系最快的0.5级超空间引擎，可以在几分钟内带他穿过整个银河系，简直是开挂般的存在。
不过，刘柯更看重《星际迷航：暗黑无界》而不是《星球大战》，因为刘柯此刻入侵的是31区的一个星舰制造基地。这里有着完整的制造体系，包括星舰船体制造，曲速引擎制造，脉冲引擎制造，光炮制造，量子鱼雷制造等。对于这些星际时代的科技技术，刘柯完全不用通过实物来进行逆向推演获得技术，而是拿过来就能用，立刻就能进行生产改进。
当然，星际联邦的科技也不是没有短处。比如他们的单兵装备就十分简陋，武器除了相位枪还是相位枪。至于防御，士兵则只是穿着常服，很少穿盔甲等装备。而且他们的盔甲防御力是有那么一些，但只有一种保护功能，完全没有飞行等能力，与从钢铁侠战衣发展来的多功能机动装甲相比，完全就是一个在地，一个在天，完全败在机动装甲之下。